Кладём сертификаты в /root/nginx/certs и создаём контейнер для nginx-а:

docker run -d -p 80:80 -p 443:443 -v /root/nginx/certs:/etc/nginx/certs -v /var/run/docker.sock:/tmp/docker.sock:ro jwilder/nginx-proxy

Запускаем любые нужные нам контейнеры:

docker run -d --expose=80 --name dokuwiki \
-e "VIRTUAL_HOST=docs.imi.biz.ua" \
 --volume /root/doku:/bitnami \
 bitnami/dokuwiki:latest